Хирургическая клиника 1-го медицинского факультета Карлова университета и Томайеровой университетской больницы оказывает комплексную помощь в области общей и онкологической хирургии, включая экстренные и плановые операции. Проводятся операции по поводу аппендицита, грыж, желчного пузыря, желудка, толстой и прямой кишки, печени, желчных путей и поджелудочной железы классическими и лапароскопическими методами. Также выполняются вмешательства при геморрое, варикозном расширении вен и травматологические операции в зависимости от характера повреждения. Онкохирургический центр обеспечивает оперативное лечение опухолей желудочно-кишечного тракта с индивидуальным определением тактики лечения междисциплинарной командой. Клиника применяет малоинвазивные и роботические методы хирургии, включая систему Da Vinci Xi. Обеспечивается круглосуточная экстренная хирургическая помощь и программа однодневной хирургии для отдельных вмешательств.